Học giỏi, và dạy chữ giúp dân
Năm Giáp Thìn (1904), qua kỳ thi Hội đến thi Đình, ông trúng cách trên hai vị hoàng giáp là đình nguyên Đặng Văn Thụy (Nghệ An) và hội nguyên Huỳnh Thúc Kháng (Quảng Nam) đỗ nhất giáp đồng tiến sĩ.
Đạt được thành tích rực rỡ ấy, nhưng Trần Quý Cáp không dùng tấm bằng để tiến thân theo đường quan chức, mà muốn đem kiến thức và sở học của mình cùng một số bạn hữu có cùng chí hướng thực thi việc nâng cao dân trí, vận động cải cách xã hội. Từ một tiến sĩ Hán học, giác ngộ chủ thuyết Duy tân, ông đã trở thành con người khác, đến mức bị một số người cho là ông đã phát cuồng. Ông đi nhiều nơi trong tỉnh, đánh trống nhóm họp dân, say sưa diễn thuyết về Duy tân, đến nỗi chính quyền Nam triều phải ra lệnh cấm ông diễn thuyết.
Làm quan ở phủ Thăng Bình
Năm 1905, bộ ba Phan Châu Trinh, Huỳnh Thúc Kháng, Trần Quý Cáp thực hiện chuyến “Nam du” qua các tỉnh duyên hải miền Trung để tìm hiểu, khảo sát tình hình thực tế ở các địa phương. Khi đến Bình Định gặp kỳ khảo hạch, các sĩ tử tập trung khá đông, ba ông đã mượn tên Đào Mộng Giác làm một bài thơ và một bài phú cùng ứng hạch. Bài thơ Chí thành thông thánh do Phan Châu Trinh chấp bút; bài phú Lương Sơn danh ngọc do họ Huỳnh và Trần chấp bút. Nội dung hai bài thơ và phú này phê phán lối học từ chương, khoa cử, lên án chính sách ngu dân, bần cùng hóa dân ta của chính quyền đương thời và đã gây một tiếng vang lớn trong giới nho sinh.
Năm 1906, ông được lệnh bổ giáo thọ phủ Thăng Bình. Đến nhiệm sở, ông mời ngay những người biết chữ Quốc ngữ, chữ Tây về dạy cho học trò, từ đó chủ trương này lan nhanh ở trong tỉnh như các trường Diên Phong, Phú Lâm, Phước Bình…
Vào Khánh Hòa và bị xử chém
Thực dân Pháp và chính quyền Nam triều đã nhận ra nguy cơ về những hoạt động của ông, nên chúng đã đổi ông vào làm giáo thọ ở Ninh Hòa (Khánh Hòa). Năm 1908, sau khi ông vào Ninh Hòa hơn một tháng thì ở huyện Đại Lộc (Quảng Nam) bùng lên cuộc biểu tình chống thuế cự sưu.
Hốt hoảng trước phong trào đấu tranh sôi sục của quần chúng, bọn quan Nam đầu tỉnh Khánh Hòa là Án sát Nguyễn Văn Mại và bố chánh Phạm Ngọc Quát, theo mật lệnh của Khâm sứ Trung Kỳ là Lévecque, đã câu kết với tên công sứ Pháp ở đây bắt giam ông, buộc tội “đại phản nghịch”, kết án “mạc tu hữu” (chẳng cần chứng cứ) rồi đưa ra chém ở bãi Sông Cạn (Ninh Hòa).
Phan Bội Châu trong Bài điếu văn về họ Trần, đã viết: “Nhớ khi ông tới trường chém, dao đã kề cổ, còn ung dung xin với quan giám trảm cho đặt án, đốt hương, áo mão nghiêm trang, bái tạ quốc dân năm bái, rồi khẳng khái tựu hình, sắc mặt in như khi nhóm trò giảng sách”.
Còn Phan Châu Trinh trong Trung Kỳ dân biến thỉ mạt ký thì cho “cái án ấy có 8 điều oan và 6 điều gian”. Trần Quý Cáp đã ngã xuống dưới lưỡi gươm bạo tàn của tay sai phong kiến thực dân với bản án “mạc tu hữu” ngày 17-5-1908.